Badan Pengurus Harian atau yang sering disebut BPH adalah pengurus inti dalam organisasi KSR PMI Unit UIN Saizu Purwokerto. BPH terdiri dari Komandan, Wakil Komandan, Sekretaris Umum 1, 2 dan Bendahara Umum 1, 2
Struktur BPH KSR PMI Unit UIN. Prof. K. H. Saifuddin Zuhri Purwokerto Periode 2023/2024 :
Komandan : Lukman Hidayat
Wakil Komandan : Setiaesti
Sekretaris Umum :
1. Annisa Rahmaninda
2. Ismaul Atikoh
Bendahara Umum :
1. Lutfiah Putri Rahmawati
2. Laely Qadariyatus Syifa